Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SLC12A9-AS1-201ENST00000412754 369 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CYP4F29P-202ENST00000428301 1279 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 MOCS1-207ENST00000432280 1071 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CA5BP1-205ENST00000435806 1064 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 RNA5SP288-201ENST00000516075 93 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AL031590.1-202ENST00000641466 1737 ntBASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PPP1R32-201ENST00000338608 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SELENBP1-208ENST00000447402 1530 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 HEXA-206ENST00000566304 1795 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 FAM167A-AS1-203ENST00000624614 1357 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 RXRG-201ENST00000359842 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 KRTAP1-5-201ENST00000361883 1177 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 HNF1A-AS1-201ENST00000433033 612 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 MST1L-204ENST00000545160 559 ntTSL 4 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 C17orf62-234ENST00000584503 584 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC123912.6-201ENST00000612657 315 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 OR5L1-201ENST00000625203 1110 ntAPPRIS P1 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 GOSR2-209ENST00000575949 1444 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ARR3-201ENST00000307959 1292 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC010086.2-201ENST00000428616 226 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 RFNG-202ENST00000429557 994 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AL590399.1-204ENST00000430302 781 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 RPL29P2-201ENST00000488409 460 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 RPSAP70-201ENST00000504462 864 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AP002495.1-205ENST00000529513 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 MIR4326-201ENST00000582203 59 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC010503.4-201ENST00000615487 688 ntBASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 Z82195.2-202ENST00000458525 1646 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CACNA1A-211ENST00000592864 1623 ntTSL 3 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 IL2RG-203ENST00000374202 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 FAM133B-204ENST00000445716 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC14.72□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 TAMM41-201ENST00000273037 1297 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 WFDC2-203ENST00000342873 818 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AC091729.3-203ENST00000413706 674 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 STAU2-212ENST00000521419 972 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 NAV2-AS2-201ENST00000533767 782 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.147-201ENST00000576563 312 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 MIEF1-215ENST00000637854 213 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 TUBA1B-202ENST00000336023 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 CCER1-201ENST00000358859 2962 ntAPPRIS P1 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 AL627095.1-201ENST00000414775 321 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 Z69733.1-201ENST00000445990 632 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 GULOP-201ENST00000454030 748 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 URGCP-MRPS24-201ENST00000603700 795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 LINC02486-201ENST00000604157 3000 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 ADPRH-205ENST00000478927 1501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 LINC00675-202ENST00000581851 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 PPM1M-201ENST00000296487 2429 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CHD9Q3L8U1 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AL353653.1-201ENST00000452336 638 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AP000439.2-201ENST00000542064 726 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 SORD2P-201ENST00000558556 1069 ntBASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 MIR4640-201ENST00000581824 90 ntBASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.173-201ENST00000614020 273 ntBASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 AC079779.4-201ENST00000619113 548 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CHD9Q3L8U1 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
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