Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP40Q9NVE5 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP40Q9NVE5 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP40Q9NVE5 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms