Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Pold2-201ENSMUST00000102922 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10209-201ENSMUST00000203397 1607 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC33.68■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC33.65■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Apoe-206ENSMUST00000174064 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Rer1-201ENSMUST00000030914 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Pth1r-201ENSMUST00000006005 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap5-2-202ENSMUST00000190456 1471 ntAPPRIS P2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a41-201ENSMUST00000058661 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 AC165080.2-201ENSMUST00000217491 1530 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
Ccdc88bQ4QRL3 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26571-201ENSMUST00000181399 666 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gng2-202ENSMUST00000159028 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Espn-210ENSMUST00000105656 1593 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Ccdc88bQ4QRL3 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15 ms