Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HLA-CQ95604 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms