Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Gm44949-201ENSMUST00000206423 1450 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Trim28Q62318 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 P2rx2-203ENSMUST00000195985 2096 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 2410002F23Rik-201ENSMUST00000055858 1982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Krtap5-5-201ENSMUST00000097942 1177 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Gm26775-201ENSMUST00000180684 2197 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Tada1-201ENSMUST00000027846 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Gm26646-201ENSMUST00000180715 1490 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Trim28Q62318 1700030C10Rik-203ENSMUST00000189625 1735 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm14207-203ENSMUST00000156538 988 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm43759-201ENSMUST00000196925 1261 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm20431-201ENSMUST00000125544 2367 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gpr62-201ENSMUST00000164834 1977 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Cryzl1-203ENSMUST00000117644 1727 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Snrpa-201ENSMUST00000080356 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Trim28Q62318 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm11586-201ENSMUST00000123060 566 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Rdh14-201ENSMUST00000020947 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm15867-201ENSMUST00000159407 388 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 C2cd4a-201ENSMUST00000054500 1395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm14486-201ENSMUST00000144704 644 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Trim28Q62318 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.1 ms