Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
NUP88Q99567 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC17.96■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
NUP88Q99567 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms