Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RAD51C-203ENST00000421782 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC245884.1-201ENST00000457113 529 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AQP7-213ENST00000624075 1270 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CHCHD7-202ENST00000355315 1535 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RAB25-201ENST00000361084 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AP000911.2-201ENST00000534330 502 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NEU3-207ENST00000534628 746 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC009884.2-201ENST00000603110 324 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CCDC167-201ENST00000373408 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC012442.2-201ENST00000414784 425 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC114763.1-201ENST00000431985 928 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AL512330.1-201ENST00000456701 349 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD9Q3L8U1 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
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