Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a1Q04857 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 AB124611-203ENSMUST00000173769 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Trim3-202ENSMUST00000106789 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Epb41l4aos-201ENSMUST00000146010 430 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Pawr-201ENSMUST00000095313 1745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Ctage5-203ENSMUST00000170992 2785 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 St6galnac6-205ENSMUST00000113290 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Mrpl2-201ENSMUST00000002844 1031 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Glp1r-201ENSMUST00000114574 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Zfand2b-201ENSMUST00000027394 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Gm10620-201ENSMUST00000098379 1332 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Tex30-208ENSMUST00000147571 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a1Q04857 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 AC164441.1-202ENSMUST00000223430 442 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Htra2-201ENSMUST00000089645 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Snrnp40-201ENSMUST00000105994 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Hpca-209ENSMUST00000164649 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Col6a1Q04857 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.9 ms