Protein–RNA interactions for Protein: P70354

Msx3, Homeobox protein MSX-3, mousemouse

Predictions only

Length 204 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Msx3P70354 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Msx3P70354 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Pstpip1-201ENSMUST00000059206 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Raph1-201ENSMUST00000027168 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Kti12-201ENSMUST00000102738 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 AC158990.1-201ENSMUST00000221450 2016 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tmem147-203ENSMUST00000207296 875 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Gm11847-201ENSMUST00000125165 1119 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Hnrnpa3-201ENSMUST00000090792 1140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Msx3P70354 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tmem160-201ENSMUST00000019302 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Jtb-201ENSMUST00000029546 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Abhd12-201ENSMUST00000056149 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Msx3P70354 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Cers5-201ENSMUST00000023762 2096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Gabbr1-209ENSMUST00000174456 1595 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Ell3-201ENSMUST00000028679 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Msx3P70354 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.3 ms