Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms