Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,41■■■■□ 3,58
Trim28Q62318 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC37,37■■■■□ 3,57
Trim28Q62318 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37,35■■■■□ 3,57
Trim28Q62318 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC37,34■■■■□ 3,57
Trim28Q62318 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC37,32■■■■□ 3,56
Trim28Q62318 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,32■■■■□ 3,56
Trim28Q62318 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC37,26■■■■□ 3,55
Trim28Q62318 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC37,25■■■■□ 3,55
Trim28Q62318 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,25■■■■□ 3,55
Trim28Q62318 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,22■■■■□ 3,55
Trim28Q62318 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC37,22■■■■□ 3,55
Trim28Q62318 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,14■■■■□ 3,54
Trim28Q62318 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC37,1■■■■□ 3,53
Trim28Q62318 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC37,09■■■■□ 3,53
Trim28Q62318 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,08■■■■□ 3,53
Trim28Q62318 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC37,08■■■■□ 3,53
Trim28Q62318 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,04■■■■□ 3,52
Trim28Q62318 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37,04■■■■□ 3,52
Trim28Q62318 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,96■■■■□ 3,51
Trim28Q62318 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC36,95■■■■□ 3,51
Trim28Q62318 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,89■■■■□ 3,5
Trim28Q62318 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,88■■■■□ 3,49
Trim28Q62318 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,85■■■■□ 3,49
Trim28Q62318 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36,85■■■■□ 3,49
Trim28Q62318 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC36,85■■■■□ 3,49
Trim28Q62318 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36,8■■■■□ 3,48
Trim28Q62318 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36,74■■■■□ 3,47
Trim28Q62318 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC36,7■■■■□ 3,47
Trim28Q62318 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36,7■■■■□ 3,47
Trim28Q62318 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36,62■■■■□ 3,45
Trim28Q62318 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC36,61■■■■□ 3,45
Trim28Q62318 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36,52■■■■□ 3,44
Trim28Q62318 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,5■■■■□ 3,43
Trim28Q62318 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,48■■■■□ 3,43
Trim28Q62318 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,48■■■■□ 3,43
Trim28Q62318 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC36,44■■■■□ 3,42
Trim28Q62318 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,42■■■■□ 3,42
Trim28Q62318 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC36,41■■■■□ 3,42
Trim28Q62318 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36,4■■■■□ 3,42
Trim28Q62318 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC36,38■■■■□ 3,41
Trim28Q62318 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC36,33■■■■□ 3,41
Trim28Q62318 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,33■■■■□ 3,41
Trim28Q62318 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC36,32■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,3■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,3■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC36,28■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC36,28■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC36,27■■■■□ 3,4
Trim28Q62318 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC36,24■■■■□ 3,39
Trim28Q62318 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,24■■■■□ 3,39
Trim28Q62318 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,23■■■■□ 3,39
Trim28Q62318 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,2■■■■□ 3,39
Trim28Q62318 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC36,2■■■■□ 3,39
Trim28Q62318 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC36,17■■■■□ 3,38
Trim28Q62318 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC36,16■■■■□ 3,38
Trim28Q62318 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,16■■■■□ 3,38
Trim28Q62318 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC36,15■■■■□ 3,38
Trim28Q62318 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC36,13■■■■□ 3,37
Trim28Q62318 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,03■■■■□ 3,36
Trim28Q62318 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC36,02■■■■□ 3,36
Trim28Q62318 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36■■■■□ 3,35
Trim28Q62318 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC35,98■■■■□ 3,35
Trim28Q62318 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC35,95■■■■□ 3,34
Trim28Q62318 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,89■■■■□ 3,34
Trim28Q62318 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC35,87■■■■□ 3,33
Trim28Q62318 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,81■■■■□ 3,32
Trim28Q62318 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,8■■■■□ 3,32
Trim28Q62318 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,75■■■■□ 3,31
Trim28Q62318 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,74■■■■□ 3,31
Trim28Q62318 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Trim28Q62318 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC35,68■■■■□ 3,3
Trim28Q62318 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,68■■■■□ 3,3
Trim28Q62318 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,67■■■■□ 3,3
Trim28Q62318 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC35,66■■■■□ 3,3
Trim28Q62318 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,61■■■■□ 3,29
Trim28Q62318 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Trim28Q62318 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC35,58■■■■□ 3,29
Trim28Q62318 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC35,58■■■■□ 3,29
Trim28Q62318 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,57■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC35,56■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,55■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,54■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC35,53■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,53■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC35,52■■■■□ 3,28
Trim28Q62318 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,5■■■■□ 3,27
Trim28Q62318 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,48■■■■□ 3,27
Trim28Q62318 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC35,45■■■■□ 3,27
Trim28Q62318 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,45■■■■□ 3,27
Trim28Q62318 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC35,44■■■■□ 3,26
Trim28Q62318 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC35,39■■■■□ 3,26
Trim28Q62318 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,38■■■■□ 3,26
Trim28Q62318 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC35,38■■■■□ 3,25
Trim28Q62318 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC35,36■■■■□ 3,25
Trim28Q62318 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC35,36■■■■□ 3,25
Trim28Q62318 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,36■■■■□ 3,25
Trim28Q62318 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,34■■■■□ 3,25
Trim28Q62318 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,31■■■■□ 3,24
Trim28Q62318 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC35,31■■■■□ 3,24
Trim28Q62318 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,3■■■■□ 3,24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10,3 ms