Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col28a1Q2UY11 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Col28a1Q2UY11 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Col28a1Q2UY11 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Col28a1Q2UY11 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Col28a1Q2UY11 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Col28a1Q2UY11 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Col28a1Q2UY11 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Col28a1Q2UY11 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Col28a1Q2UY11 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
Col28a1Q2UY11 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Col28a1Q2UY11 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col28a1Q2UY11 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col28a1Q2UY11 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
Col28a1Q2UY11 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Col28a1Q2UY11 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Col28a1Q2UY11 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col28a1Q2UY11 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Col28a1Q2UY11 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col28a1Q2UY11 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Col28a1Q2UY11 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col28a1Q2UY11 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Col28a1Q2UY11 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col28a1Q2UY11 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col28a1Q2UY11 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col28a1Q2UY11 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col28a1Q2UY11 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Col28a1Q2UY11 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
Col28a1Q2UY11 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col28a1Q2UY11 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Col28a1Q2UY11 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Col28a1Q2UY11 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col28a1Q2UY11 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Col28a1Q2UY11 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Col28a1Q2UY11 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
Col28a1Q2UY11 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Col28a1Q2UY11 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col28a1Q2UY11 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col28a1Q2UY11 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col28a1Q2UY11 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Col28a1Q2UY11 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col28a1Q2UY11 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Col28a1Q2UY11 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col28a1Q2UY11 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
Col28a1Q2UY11 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Col28a1Q2UY11 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col28a1Q2UY11 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col28a1Q2UY11 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col28a1Q2UY11 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col28a1Q2UY11 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col28a1Q2UY11 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col28a1Q2UY11 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Col28a1Q2UY11 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col28a1Q2UY11 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col28a1Q2UY11 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col28a1Q2UY11 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Col28a1Q2UY11 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.9 ms