Protein–RNA interactions for Protein: P10628

Hoxd4, Homeobox protein Hox-D4, mousemouse

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd4P10628 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Hoxd4P10628 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Hoxd4P10628 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Hoxd4P10628 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Hoxd4P10628 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Hoxd4P10628 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Hoxd4P10628 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Hoxd4P10628 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Hoxd4P10628 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Hoxd4P10628 Mogs-201ENSMUST00000032114 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Hoxd4P10628 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Hoxd4P10628 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Hoxd4P10628 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Hoxd4P10628 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Hoxd4P10628 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Hoxd4P10628 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Hoxd4P10628 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Hoxd4P10628 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Hoxd4P10628 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Hoxd4P10628 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
Hoxd4P10628 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Hoxd4P10628 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Hoxd4P10628 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Hoxd4P10628 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Hoxd4P10628 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Hoxd4P10628 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Hoxd4P10628 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Hoxd4P10628 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Hoxd4P10628 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Hoxd4P10628 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Hoxd4P10628 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Hoxd4P10628 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Hoxd4P10628 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Hoxd4P10628 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Hoxd4P10628 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Hoxd4P10628 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Hoxd4P10628 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Hoxd4P10628 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Hoxd4P10628 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Hoxd4P10628 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Hoxd4P10628 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Hoxd4P10628 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Hoxd4P10628 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Hoxd4P10628 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Hoxd4P10628 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Hoxd4P10628 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Hoxd4P10628 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.2 ms