Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25,24■■□□□ 1,63
Lmx1bO88609 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,24■■□□□ 1,63
Lmx1bO88609 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC25,2■■□□□ 1,62
Lmx1bO88609 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC25,18■■□□□ 1,62
Lmx1bO88609 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25,18■■□□□ 1,62
Lmx1bO88609 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25,14■■□□□ 1,62
Lmx1bO88609 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25,11■■□□□ 1,61
Lmx1bO88609 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25,11■■□□□ 1,61
Lmx1bO88609 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25,08■■□□□ 1,61
Lmx1bO88609 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25,05■■□□□ 1,6
Lmx1bO88609 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25,01■■□□□ 1,59
Lmx1bO88609 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24,98■■□□□ 1,59
Lmx1bO88609 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,97■■□□□ 1,59
Lmx1bO88609 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,96■■□□□ 1,59
Lmx1bO88609 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,92■■□□□ 1,58
Lmx1bO88609 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC24,91■■□□□ 1,58
Lmx1bO88609 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,9■■□□□ 1,58
Lmx1bO88609 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24,86■■□□□ 1,57
Lmx1bO88609 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,86■■□□□ 1,57
Lmx1bO88609 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC24,85■■□□□ 1,57
Lmx1bO88609 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,82■■□□□ 1,56
Lmx1bO88609 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,82■■□□□ 1,56
Lmx1bO88609 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,8■■□□□ 1,56
Lmx1bO88609 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC24,8■■□□□ 1,56
Lmx1bO88609 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24,78■■□□□ 1,56
Lmx1bO88609 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24,75■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,75■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,75■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,74■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,74■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24,73■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24,73■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24,71■■□□□ 1,55
Lmx1bO88609 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,68■■□□□ 1,54
Lmx1bO88609 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24,68■■□□□ 1,54
Lmx1bO88609 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,63■■□□□ 1,53
Lmx1bO88609 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,62■■□□□ 1,53
Lmx1bO88609 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24,62■■□□□ 1,53
Lmx1bO88609 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,6■■□□□ 1,53
Lmx1bO88609 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24,56■■□□□ 1,52
Lmx1bO88609 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,5■■□□□ 1,51
Lmx1bO88609 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24,47■■□□□ 1,51
Lmx1bO88609 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24,44■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24,43■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24,43■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,41■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,4■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24,4■■□□□ 1,5
Lmx1bO88609 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,37■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC24,37■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,37■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,37■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,36■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,36■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24,35■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24,34■■□□□ 1,49
Lmx1bO88609 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,31■■□□□ 1,48
Lmx1bO88609 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,31■■□□□ 1,48
Lmx1bO88609 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,31■■□□□ 1,48
Lmx1bO88609 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24,31■■□□□ 1,48
Lmx1bO88609 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24,3■■□□□ 1,48
Lmx1bO88609 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24,26■■□□□ 1,47
Lmx1bO88609 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24,25■■□□□ 1,47
Lmx1bO88609 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC24,24■■□□□ 1,47
Lmx1bO88609 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,23■■□□□ 1,47
Lmx1bO88609 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,21■■□□□ 1,47
Lmx1bO88609 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24,19■■□□□ 1,46
Lmx1bO88609 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24,19■■□□□ 1,46
Lmx1bO88609 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24,18■■□□□ 1,46
Lmx1bO88609 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24,16■■□□□ 1,46
Lmx1bO88609 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24,15■■□□□ 1,46
Lmx1bO88609 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,12■■□□□ 1,45
Lmx1bO88609 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24,1■■□□□ 1,45
Lmx1bO88609 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,09■■□□□ 1,45
Lmx1bO88609 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC24,07■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,05■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC24,05■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC24,04■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC24,03■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24,03■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24,02■■□□□ 1,44
Lmx1bO88609 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1,43
Lmx1bO88609 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1,43
Lmx1bO88609 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,96■■□□□ 1,43
Lmx1bO88609 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,95■■□□□ 1,43
Lmx1bO88609 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,89■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,87■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23,86■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23,84■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23,84■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23,83■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23,83■■□□□ 1,41
Lmx1bO88609 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC23,83■■□□□ 1,4
Lmx1bO88609 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23,81■■□□□ 1,4
Lmx1bO88609 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23,79■■□□□ 1,4
Lmx1bO88609 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,78■■□□□ 1,4
Lmx1bO88609 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23,76■■□□□ 1,39
Lmx1bO88609 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC23,75■■□□□ 1,39
Lmx1bO88609 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23,74■■□□□ 1,39
Lmx1bO88609 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23,74■■□□□ 1,39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11,5 ms