Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Lmx1bO88609 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Lmx1bO88609 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Lmx1bO88609 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Lmx1bO88609 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Lmx1bO88609 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Lmx1bO88609 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lmx1bO88609 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Lmx1bO88609 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Lmx1bO88609 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Lmx1bO88609 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Lmx1bO88609 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Lmx1bO88609 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Lmx1bO88609 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Lmx1bO88609 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Lmx1bO88609 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
Lmx1bO88609 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Lmx1bO88609 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lmx1bO88609 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Lmx1bO88609 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Lmx1bO88609 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Lmx1bO88609 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Lmx1bO88609 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Lmx1bO88609 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Lmx1bO88609 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Lmx1bO88609 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Lmx1bO88609 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Lmx1bO88609 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Lmx1bO88609 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Lmx1bO88609 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Lmx1bO88609 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Lmx1bO88609 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Lmx1bO88609 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Lmx1bO88609 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Lmx1bO88609 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
Lmx1bO88609 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Lmx1bO88609 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Lmx1bO88609 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Lmx1bO88609 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Lmx1bO88609 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Lmx1bO88609 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Lmx1bO88609 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Lmx1bO88609 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Lmx1bO88609 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
Lmx1bO88609 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Lmx1bO88609 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Lmx1bO88609 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Lmx1bO88609 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Lmx1bO88609 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Lmx1bO88609 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Lmx1bO88609 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Lmx1bO88609 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Lmx1bO88609 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Lmx1bO88609 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Lmx1bO88609 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Lmx1bO88609 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Lmx1bO88609 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Lmx1bO88609 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Lmx1bO88609 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Lmx1bO88609 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Lmx1bO88609 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Ube2q2-202ENSMUST00000121677 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
Lmx1bO88609 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Lmx1bO88609 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Lmx1bO88609 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
Lmx1bO88609 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Lmx1bO88609 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Lmx1bO88609 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 77 ms