Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Cacna1bO55017 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Cacna1bO55017 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Cacna1bO55017 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Cacna1bO55017 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
Cacna1bO55017 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Cacna1bO55017 Uhrf2-202ENSMUST00000112552 1464 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cacna1bO55017 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Cacna1bO55017 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Cacna1bO55017 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Cacna1bO55017 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Cacna1bO55017 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Cacna1bO55017 Aes-201ENSMUST00000002518 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Cacna1bO55017 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Cacna1bO55017 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Cacna1bO55017 Agpat2-201ENSMUST00000028286 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Cacna1bO55017 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Cacna1bO55017 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Cacna1bO55017 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
Cacna1bO55017 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Mafa-201ENSMUST00000062002 1080 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Cacna1bO55017 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Cacna1bO55017 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
Cacna1bO55017 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Cacna1bO55017 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
Cacna1bO55017 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Cacna1bO55017 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Cacna1bO55017 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Cacna1bO55017 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Cacna1bO55017 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Cacna1bO55017 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
Cacna1bO55017 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
Cacna1bO55017 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Cacna1bO55017 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Cacna1bO55017 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
Cacna1bO55017 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
Cacna1bO55017 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Cacna1bO55017 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Cacna1bO55017 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
Cacna1bO55017 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Cacna1bO55017 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
Cacna1bO55017 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
Cacna1bO55017 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Cacna1bO55017 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Cacna1bO55017 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Cacna1bO55017 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Cacna1bO55017 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Cacna1bO55017 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Cacna1bO55017 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
Cacna1bO55017 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Cacna1bO55017 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Cacna1bO55017 Slc25a28-201ENSMUST00000046038 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Cacna1bO55017 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Cacna1bO55017 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
Cacna1bO55017 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
Cacna1bO55017 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Cacna1bO55017 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
Cacna1bO55017 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Cacna1bO55017 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Cacna1bO55017 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.9 ms