Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CUX1P39880 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CUX1P39880 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CUX1P39880 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CUX1P39880 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CUX1P39880 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CUX1P39880 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CUX1P39880 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CUX1P39880 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms