Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Akt1s1-201ENSMUST00000054343 1592 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trafd1Q3UDK1 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 AC153366.1-201ENSMUST00000218132 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Dnajc19-203ENSMUST00000117223 1695 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Rell2-201ENSMUST00000070709 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Klhl15-203ENSMUST00000113911 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Msx3-202ENSMUST00000172775 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Chrna7-201ENSMUST00000032738 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Trafd1Q3UDK1 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Rnf166-201ENSMUST00000014614 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Rbfa-201ENSMUST00000025462 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Bbc3-201ENSMUST00000002152 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Barhl1-202ENSMUST00000113847 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Tusc3-201ENSMUST00000167992 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Spata2-202ENSMUST00000109211 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Map3k15-201ENSMUST00000033665 4348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Ptpre-202ENSMUST00000209256 2593 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trafd1Q3UDK1 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.9 ms