Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms