Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TCOF1Q13428 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms