Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Tfg-201ENSMUST00000065515 1945 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Hccs-202ENSMUST00000112115 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Znrf3-201ENSMUST00000109867 6311 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Cav2-201ENSMUST00000000058 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Chst12-201ENSMUST00000043050 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Mknk2-205ENSMUST00000200082 3439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Jund-201ENSMUST00000095267 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Mau2-206ENSMUST00000212451 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Fam20b-201ENSMUST00000086153 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Aars-201ENSMUST00000034441 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Ube2d2a-202ENSMUST00000170693 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rnf40Q3U319 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Spns2-201ENSMUST00000045303 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Marcksl1-201ENSMUST00000062356 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Pkmyt1-201ENSMUST00000024701 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Fkbp8-201ENSMUST00000075491 1698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Whrn-208ENSMUST00000119294 2632 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
Rnf40Q3U319 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.7 ms