Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Lire1P11260 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Foxg1-201ENSMUST00000021333 2941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Lgi2-202ENSMUST00000199942 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Magi3-202ENSMUST00000121198 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Magi2-202ENSMUST00000101558 6530 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Lire1P11260 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Lire1P11260 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Nckap1-201ENSMUST00000028386 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Adcy9-203ENSMUST00000120080 4974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Lire1P11260 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Lire1P11260 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Lire1P11260 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Lire1P11260 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.4 ms