Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
CHD3Q12873 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms