Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
COL4A3Q01955 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.3 ms