Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms