Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC39Q9UFE4 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms