Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms