Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC39Q9UFE4 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC39Q9UFE4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC39Q9UFE4 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms