Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
HOXA4Q00056 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms