Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC9Q9Y3X0 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms