Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Fam189a2-201ENSMUST00000096164 2547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Atxn7l2-201ENSMUST00000102633 3044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Rnf40Q3U319 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Cpeb3-205ENSMUST00000126781 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Lmtk3-202ENSMUST00000120005 4997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Brd1-203ENSMUST00000109381 4886 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Slc10a3-201ENSMUST00000037967 2023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Rnf40Q3U319 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Zfp3-201ENSMUST00000060444 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Rnf40Q3U319 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 1810026B05Rik-203ENSMUST00000184587 5738 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Rnf40Q3U319 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 85 ms