Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CUX1P39880 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CUX1P39880 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CUX1P39880 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CUX1P39880 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CUX1P39880 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CUX1P39880 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms