Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
USP4Q13107 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms