Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS28Q9UK41 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS28Q9UK41 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms