Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TCOF1Q13428 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
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