Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC87Q9NVE4 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms