Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN9AQ15858 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SCN9AQ15858 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
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