Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC18.78■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms