Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms