Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms