Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRIM28Q13263 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRIM28Q13263 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms