Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Usp28Q5I043 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
Usp28Q5I043 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Usp28Q5I043 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Usp28Q5I043 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
Usp28Q5I043 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
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