RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000445503.5

MSH6-204, Transcript of mutS homolog 6, human

TSL 1 (best)

Gene MSH6, Length 4,158 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
MSH6-204	ENST00000445503	MGAT4D	A6NG13	374 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	BCAS1	O75363	584 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PGLS	O95336	258 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RECQL	P46063	649 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HK3	P52790	923 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TMBIM6	P55061	237 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	FPGS	Q05932	587 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ACSM2A	Q08AH3	577 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ILF2	Q12905	390 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	POM121L1P	Q3SYA9	428 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SYTL3	Q4VX76	610 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ACSM2B	Q68CK6	577 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RETSAT	Q6NUM9	610 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	UBE2R2	Q712K3	238 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SVOP	Q8N4V2	548 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SOCS4	Q8WXH5	440 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	C8orf48	Q96LL4	319 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ZNF556	Q9HAH1	456 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CD84	Q9UIB8	345 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SLC38A8	A6NNN8	435 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ACOX3	O15254	700 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RGS10	O43665	173 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MTX2	O75431	263 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CLDN7	O95471	211 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CLDN9	O95484	217 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	IGLV3-25	P01717	112 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	APOA1	P02647	267 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SPCS2	Q15005	226 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PYCR3	Q53H96	274 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SERINC5	Q86VE9	423 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	VPS37A	Q8NEZ2	397 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	FNIP2	Q9P278	1114 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	GLYATL1P3	A0A0U1RQE8	302 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503		H7C4K7	107 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503		K7ERQ8	282 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	IL6	P05231	212 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	GGT1	P19440	569 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HOXC13	P31276	330 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CRAT	P43155	626 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	KIR3DL1	P43629	444 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	DGKE	P52429	567 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RNF180	Q86T96	592 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	IGFN1	Q86VF2	1251 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	KCNJ9	Q92806	393 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SLC39A13	Q96H72	371 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HCST	Q9UBK5	93 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SNX6	Q9UNH7	406 aa		11.63	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	OR6C75	A6NL08	312 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TBX1	O43435	398 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CAPN15	O75808	1086 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PEX11B	O96011	259 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	POU2F1	P14859	743 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MAPK1	P28482	360 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ADAM17	P78536	824 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ABR	Q12979	859 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MADCAM1	Q13477	382 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PON2	Q15165	354 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TRIM60	Q495X7	471 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SVOPL	Q8N434	492 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MTERF1	Q99551	399 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RRAGC	Q9HB90	399 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ITM2C	Q9NQX7	267 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503		A0A1B0GVM2	712 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MTMR11	A4FU01	709 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	FPGT	O14772	594 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ZNF623	O75123	536 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	WEE1	P30291	646 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SLC6A4	P31645	630 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	NUDT6	P53370	316 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	CHRNA6	Q15825	494 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PHKG1	Q16816	387 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	COQ5	Q5HYK3	327 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	OR8H2	Q8N162	312 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	NETO1	Q8TDF5	533 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	HDAC2	Q92769	488 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TBCCD1	Q9NVR7	557 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	ZNF451	Q9Y4E5	1061 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TESMIN	Q9Y4I5	508 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PCDHB1	Q9Y5F3	818 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	SLC1A7	O00341	560 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	IFRD1	O00458	451 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	FUT4	P22083	530 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	DCK	P27707	260 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PIGA	P37287	484 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RXRG	P48443	463 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	TPTE	P56180	551 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	MRPS15	P82914	257 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	RAPSN	Q13702	412 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	NADSYN1	Q6IA69	706 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	FUT10	Q6P4F1	479 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503		Q6ZNX1	250 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		11.62	□□□□□ -0.55
MSH6-204	ENST00000445503	PDPR	Q8NCN5	879 aa		11.62	□□□□□ -0.55

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52.9 ms