RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586792.5

ZNF540-204, Transcript of zinc finger protein 540, human

TSL 3 BASIC

Gene ZNF540, Length 564 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ZNF540-204	ENST00000586792	ZBTB16	Q05516	673 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NME3	Q13232	169 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PTPRR	Q15256	657 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SMAD1	Q15797	465 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LPAL2	Q16609	132 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PFKFB4	Q16877	469 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MST1L	Q2TV78	715 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PGS1	Q32NB8	556 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MIDN	Q504T8	468 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PITRM1	Q5JRX3	1037 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	RABGAP1L	Q5R372	815 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	PPP1R2P3	Q6NXS1	205 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MSANTD2	Q6P1R3	559 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ALKBH5	Q6P6C2	394 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	KDELC1	Q6UW63	502 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TRIM72	Q6ZMU5	477 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF782	Q6ZMW2	699 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	B4GALNT4	Q76KP1	1039 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BEND5	Q7L4P6	421 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	WDR5B	Q86VZ2	330 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CHSY1	Q86X52	802 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ERICH1	Q86X53	443 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LYSMD2	Q8IV50	215 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MFN1	Q8IWA4	741 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCDC170	Q8IYT3	715 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	MAML2	Q8IZL2	1156 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF619	Q8N2I2	560 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ATP6V0D2	Q8N8Y2	350 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NAT8L	Q8N9F0	302 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	OR7D4	Q8NG98	312 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DQX1	Q8TE96	717 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	WFIKKN2	Q8TEU8	576 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CLEC4C	Q8WTT0	213 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NDRG1	Q92597	394 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ARHGEF2	Q92974	986 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TMA16	Q96EY4	203 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BPIFA3	Q9BQP9	254 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SORBS1	Q9BX66	1292 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TPSD1	Q9BZJ3	242 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LHX5	Q9H2C1	402 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	RMI1	Q9H9A7	625 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	BCO1	Q9HAY6	547 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	FBRSL1	Q9HCM7	1045 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SIX2	Q9NPC8	291 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ACP6	Q9NPH0	428 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCDC177	Q9NQR7	707 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	CCM2L	Q9NUG4	571 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	DDIT4	Q9NX09	232 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TRMT1	Q9NXH9	659 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	LIMA1	Q9UHB6	759 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	ITGB1BP2	Q9UKP3	347 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	AGO1	Q9UL18	857 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM5	Q9Y2B1	443 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	SNX8	Q9Y5X2	465 aa		4.72	□□□□□ -1.65
ZNF540-204	ENST00000586792	C2orf81	A6NN90	581 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792		B9A039	149 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	GOLGA8S	H3BPF8	625 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792		K7EQS6	105 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792		M0QYT0	321 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	SGK1	O00141	431 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	CASQ2	O14958	399 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	PAPSS1	O43252	624 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	CCP110	O43303	1012 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	ACSL4	O60488	711 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	TBL1X	O60907	577 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	COQ9	O75208	318 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	DAB1	O75553	588 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	GRAP2	O75791	330 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	TSPAN9	O75954	239 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	USP1	O94782	785 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	TRUB2	O95900	331 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	PENK	P01210	267 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	KLKB1	P03952	638 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	CALB1	P05937	261 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	ATP5B	P06576	529 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	ACADM	P11310	421 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	SFTPC	P11686	197 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	MYF5	P13349	255 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	FER	P16591	822 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	POLR2E	P19388	210 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	HLA-DPA1	P20036	260 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	IL4R	P24394	825 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	HOXA6	P31267	233 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	NNMT	P40261	264 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	DPP6	P42658	865 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	WAS	P42768	502 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	GPR3	P46089	330 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	HSPA7	P48741	367 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	KLK7	P49862	253 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	ALDH3A2	P51648	485 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	AGFG1	P52594	562 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	SLC12A2	P55011	1212 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	NR1H2	P55055	460 aa		4.71	□□□□□ -1.66
ZNF540-204	ENST00000586792	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	4.71	□□□□□ -1.66

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.8 ms