RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000398417.6

SMAD4-202, Transcript of SMAD family member 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene SMAD4, Length 8,495 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4-202ENST00000398417 PHACTR4Q8IZ21 702 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 OR2T11Q8NH01 316 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GIPC3Q8TF64 312 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PYCR2Q96C36 320 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZNF599Q96NL3 588 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 OR52E6Q96RD3 313 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 POPDC3Q9HBV1 291 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 LMCD1Q9NZU5 365 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TNPO3Q9Y5L0 923 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PMF1-BGLAPU3KQ54 211 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 THSD7AQ9UPZ6 1657 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TCRBV3S1A0A5B6 114 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 KRT87PA6NCN2 255 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 M0R3G1 203 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 COCHO43405 550 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PQBP1O60828 265 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TMEM127O75204 238 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NTRK1P04629 796 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZNF37AP17032 561 aaPredicted RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CTGFP29279 349 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 MRPL28Q13084 256 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NR1D2Q14995 579 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 SULT1C3Q6IMI6 304 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 HM13Q8TCT9 377 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ELMO1Q92556 727 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 MRPS31Q92665 395 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TOP1MTQ969P6 601 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NRBF2Q96F24 287 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TPD52L3Q96J77 140 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 UBXN10Q96LJ8 280 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 BDH2Q9BUT1 245 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 XRN2Q9H0D6 950 aaKnown RBP eCLIP4.85□□□□□ -1.631e-6■■■□□ 18.8
SMAD4-202ENST00000398417 HPS4Q9NQG7 708 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PRKAG2Q9UGJ0 569 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CNOT11Q9UKZ1 510 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 EVPLLA8MZ36 301 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 SYN3O14994 580 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CASC3O15234 703 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PRAMEF1O95521 474 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 BCL10O95999 233 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GALTP07902 379 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TFPTP0C1Z6 253 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 OR56A5P0C7T3 313 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 HOXD10P28358 340 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PCSK6P29122 969 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 FMO3P31513 532 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GNPDA1P46926 289 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ERVK-8P63133 956 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 OLR1P78380 273 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 EMX2Q04743 252 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 DGCR6Q14129 220 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 SPANXN4Q5MJ08 99 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PDE12Q6L8Q7 609 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NANOGP8Q6NSW7 305 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ANKRD46Q86W74 232 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PIANPQ8IYJ0 282 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ADGRG5Q8IZF4 528 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 SPPL2AQ8TCT8 520 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 OTULINQ96BN8 352 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZBED2Q9BTP6 218 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GSDMCQ9BYG8 508 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CRISPLD1Q9H336 500 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 MTG2Q9H4K7 406 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NANOGQ9H9S0 305 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 TMEM161AQ9NX61 479 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ERVK-18Q9QC07 812 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GNPTGQ9UJJ9 305 aa4.85□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PDE4DIPQ5VU43 2346 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 VILLO15195 856 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 DIRAS1O95057 198 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 S100A9P06702 114 aaKnown RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GPIP06744 558 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 EPB42P16452 691 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZNF26P17031 533 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GABRR2P28476 465 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 RPS14P62263 151 aaKnown RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CBLBQ13191 982 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ABRAXAS2Q15018 415 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 AFMIDQ63HM1 303 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 RSPO2Q6UXX9 243 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 GPR180Q86V85 440 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 C2orf73Q8N5S3 287 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ATG16L2Q8NAA4 619 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP4.84□□□□□ -1.631e-7■■□□□ 12.2
SMAD4-202ENST00000398417 LRTM1Q9HBL6 345 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 RASSF1Q9NS23 344 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZSCAN32Q9NX65 697 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 RNF186Q9NXI6 227 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 DNAJB9Q9UBS3 223 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ATP11BQ9Y2G3 1177 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ASB1Q9Y576 335 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ZNF197O14709 1029 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 XPNPEP2O43895 674 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 PAPSS2O95340 614 aaPredicted RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 FADS2O95864 444 aaKnown RBP4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 ESR1P03372 595 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CKMP06732 381 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 CLUP10909 449 aa4.84□□□□□ -1.63
SMAD4-202ENST00000398417 NEK2P51955 445 aa4.84□□□□□ -1.63
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.4 ms