RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000584944.5

TRAF4-215, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 825 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-215	ENST00000584944	ACSL3	O95573	720 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	S1PR4	O95977	384 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	VIP	P01282	170 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	FTH1P19	P0C7X4	201 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PKM	P14618	531 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	RPS3	P23396	243 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CD151	P48509	253 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CLCNKA	P51800	687 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	HSPA14	Q0VDF9	509 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	NFE2L1	Q14494	772 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	KIR2DS5	Q14953	304 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	KYNU	Q16719	465 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TTLL9	Q3SXZ7	439 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	C14orf28	Q4W4Y0	310 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT3A1	Q6NUS8	523 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	DBX2	Q6ZNG2	339 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	MICALCL	Q6ZW33	695 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	GLRX5	Q86SX6	157 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PNPLA1	Q8N8W4	532 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	GPATCH11	Q8N954	259 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	EIF1AD	Q8N9N8	165 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM181A	Q8N9Y4	354 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	KY	Q8NBH2	561 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	DGCR8	Q8WYQ5	773 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TMEM131	Q92545	1883 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	LPGAT1	Q92604	370 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SH3KBP1	Q96B97	665 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	LINC00615	Q96LM1	132 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF106	Q9H2Y7	1883 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PRDM8	Q9NQV8	689 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	IMP3	Q9NV31	184 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TBC1D29	Q9UFV1	150 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC23A2	Q9UGH3	650 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	HEBP2	Q9Y5Z4	205 aa		13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TP53BP1	Q12888	1972 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TCRBV9S1A1T	A0A576	114 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TUBB	P07437	444 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CKMT1A	P12532	417 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SAT1	P21673	171 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	ADAR	P55265	1226 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	MPP1	Q00013	466 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	DMPK	Q09013	629 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	RPA4	Q13156	261 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	UAP1	Q16222	522 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	METRNL	Q641Q3	311 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TRMT10B	Q6PF06	316 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	TRMT10C	Q7L0Y3	403 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	KANSL1	Q7Z3B3	1105 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SLCO6A1	Q86UG4	719 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC26A11	Q86WA9	606 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	NRROS	Q86YC3	692 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PPM1N	Q8N819	430 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	C2CD4A	Q8NCU7	369 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM136A	Q96C01	138 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	ATXN7L3B	Q96GX2	97 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	AHCYL2	Q96HN2	611 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	VPS39	Q96JC1	886 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	FOPNL	Q96NB1	174 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CYTH2	Q99418	400 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC38A3	Q99624	504 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	WWP1	Q9H0M0	922 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CAAP1	Q9H8G2	361 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	COG4	Q9H9E3	785 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	LRRC4C	Q9HCJ2	640 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	LRIT1	Q9P2V4	623 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	CORO1C	Q9ULV4	474 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PRSS21	Q9Y6M0	314 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	COLEC10	Q9Y6Z7	277 aa		13.59	□□□□□ -0.23
TRAF4-215	ENST00000584944	PABPN1L	A6NDY0	278 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	KDM1A	O60341	852 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	HAUS5	O94927	633 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	RPN2	P04844	631 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	CDK4	P11802	303 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	GLB1	P16278	677 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	ALDH4A1	P30038	563 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	SKIV2L2	P42285	1042 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	PREP	P48147	710 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	LEPR	P48357	1165 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	PMS2	P54278	862 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	HHEX	Q03014	270 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	CBLB	Q13191	982 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	NAB1	Q13506	487 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	PLCL1	Q15111	1095 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	PROX2	Q3B8N5	592 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	TEDDM1	Q5T9Z0	273 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	AGAP9	Q5VTM2	703 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	TTC23L	Q6PF05	361 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	IYD	Q6PHW0	289 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	CCNI2	Q6ZMN8	369 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	TAOK1	Q7L7X3	1001 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	EFL1	Q7Z2Z2	1120 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	C11orf96	Q7Z7L8	435 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	PROSER1	Q86XN7	944 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	CNTN4	Q8IWV2	1026 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC35F3	Q8IY50	421 aa		13.58	□□□□□ -0.24
TRAF4-215	ENST00000584944	KRT222	Q8N1A0	295 aa		13.58	□□□□□ -0.24

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