RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 CDRT15L2A8MXV6 281 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CFAP99D6REC4 459 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 KRT37O76014 449 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 GOT2P00505 430 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 MPSTP25325 297 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NPY2RP49146 381 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 EPHA4P54764 986 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 EIF3IQ13347 325 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ZNF658BQ4V348 819 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PHF19Q5T6S3 580 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 TMEM71Q6P5X7 295 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 LRRC8BQ6P9F7 803 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NLRP9Q7RTR0 991 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 FBXO39Q8N4B4 442 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 AVL9Q8NBF6 648 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 RCBTB1Q8NDN9 531 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PPHLN1Q8NEY8 458 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OR4D9Q8NGE8 314 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 GPR150Q8NGU9 434 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OR10G6Q8NH81 332 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 SNIP1Q8TAD8 396 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CPT1BQ92523 772 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 FGF11Q92914 225 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PEX13Q92968 403 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 AHCYL2Q96HN2 611 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ZNF578Q96N58 590 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 IL22Q9GZX6 179 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 UCK1Q9HA47 277 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 TREX1Q9NSU2 369 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 FAM8A1Q9UBU6 413 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PRSS21Q9Y6M0 314 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 DUX1O43812 170 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 TMEM63AO94886 807 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 TNFSF15O95150 251 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ITIH1P19827 911 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 MGAT1P26572 445 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NMBRP28336 390 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 EIF2S3P41091 472 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 FNTAP49354 379 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ERVPABLB-1P60509 514 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 SEMA3AQ14563 771 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 RPE65Q16518 533 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 AFTPHQ6ULP2 937 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CREG2Q8IUH2 290 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 TRIM48Q8IWZ4 208 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CFAP206Q8IYR0 622 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OR4L1Q8NH43 312 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 SGSM3Q96HU1 749 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CCDC74BQ96LY2 380 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 DDX47Q9H0S4 455 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 POT1Q9NUX5 634 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 SYBUQ9NX95 663 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 BFARQ9NZS9 450 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OGFRQ9NZT2 677 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PDP2Q9P2J9 529 aa15.5■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 A0A087WV48 116 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 C17orf113A0A1B0GUU1 675 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 KLHL33A6NCF5 533 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 AVILO75366 819 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 THRAP10827 490 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ETV5P41161 510 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 HALP42357 657 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NSG1P42857 185 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 GPR18Q14330 331 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ITIH4Q14624 930 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 WDR74Q6RFH5 385 aaPredicted RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PACS1Q6VY07 963 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CAND1Q86VP6 1230 aaKnown RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 SPDYE1Q8NFV5 336 aaPredicted RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OR6P1Q8NGX9 317 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NCSTNQ92542 709 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CXorf40BQ96DE9 158 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CAPZA3Q96KX2 299 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 INSM2Q96T92 566 aaPredicted RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NAPGQ99747 312 aaPredicted RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 DPYSL5Q9BPU6 564 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 KIFC1Q9BW19 673 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 WWP1Q9H0M0 922 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ACSL5Q9ULC5 683 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 LOXL2Q9Y4K0 774 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CFAP20Q9Y6A4 193 aaKnown RBP15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 LOC400499M0QZD8 3231 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 NBEAQ8NFP9 2946 aa15.49■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PKD1L2Q7Z442 2459 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 GOLGA6L10A0A0M3HER8 536 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 AP3B1O00203 1094 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 OR1I1O60431 355 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 POLBP06746 335 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 ITGA2BP08514 1039 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 RBMS1P29558 406 aaKnown RBP15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 MAPK9P45984 424 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 PRAMEP78395 509 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CAPRIN2Q6IMN6 1127 aaKnown RBP15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 MPP5Q8N3R9 675 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 HM13Q8TCT9 377 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 GRK7Q8WTQ7 553 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 MFSD3Q96ES6 412 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 DCBLD2Q96PD2 775 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CMKLR1Q99788 373 aa15.48■□□□□ 0.07
CLN3-201ENST00000333496 CCM2Q9BSQ5 444 aa15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.9 ms