RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		11.75	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	LRRC37A3	O60309	1634 aa		11.74	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	FAM182B	Q5T319	152 aa		11.74	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	11.74	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	SPG7	Q9UQ90	795 aa		11.73	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	PLSCR2	Q9NRY7	297 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	RGPD5	Q99666	1765 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	PLSCR1	O15162	318 aa		11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	11.72	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		11.71	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	POLK	Q9UBT6	870 aa		11.71	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		11.71	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		11.7	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	NBPF4	Q96M43	638 aa		11.7	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	11.7	□□□□□ -0.54	1e-7	■□□□□ 10.9
USP3-208	ENST00000558285	CFAP53	Q96M91	514 aa		11.69	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	HAX1	O00165	279 aa		11.69	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	FBLN1	P23142	703 aa		11.69	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		11.69	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		11.67	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	STK32B	Q9NY57	414 aa		11.66	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	PEAK1	Q9H792	1746 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	EYA1	Q99502	592 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	NUDC	Q9Y266	331 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		11.65	□□□□□ -0.54
USP3-208	ENST00000558285	MEGF6	O75095	1541 aa		11.64	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		11.64	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	TXNRD1	Q16881	649 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	NHS	Q6T4R5	1651 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	NEFM	P07197	916 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	MTHFS	P49914	203 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	NCAPD2	Q15021	1401 aa		11.63	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	KCNQ2	O43526	872 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	DCAF5	Q96JK2	942 aa		11.6	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	SBF2	Q86WG5	1849 aa		11.59	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	11.59	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	11.59	□□□□□ -0.55
USP3-208	ENST00000558285	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PHKG2	P15735	406 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	IL13	P35225	146 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	SPON1	Q9HCB6	807 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	RREB1	Q92766	1687 aa		11.58	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	CYP27B1	O15528	508 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	SLC15A2	Q16348	729 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	KDR	P35968	1356 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	CABP4	P57796	275 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	RALBP1	Q15311	655 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		11.57	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		11.56	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		11.56	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		11.56	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	EP400	Q96L91	3159 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	PALLD	Q8WX93	1383 aa		11.55	□□□□□ -0.56
USP3-208	ENST00000558285	BTAF1	O14981	1849 aa		11.55	□□□□□ -0.56

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.9 ms