RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000584944.5

TRAF4-215, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 825 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT1A3	P35503	534 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT1A5	P35504	534 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	HK3	P52790	923 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TUBB4B	P68371	445 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	PDIA2	Q13087	525 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC14A1	Q13336	389 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF423	Q2M1K9	1284 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	LYPLAL1	Q5VWZ2	237 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	DUPD1	Q68J44	220 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	MRNIP	Q6NTE8	343 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TRAPPC5	Q8IUR0	188 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FSTL5	Q8N475	847 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	KDF1	Q8NAX2	398 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	NOA1	Q8NC60	698 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	OR2I1P	Q8NGU4	316 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	OR4L1	Q8NH43	312 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	LMX1A	Q8TE12	382 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TBATA	Q96M53	351 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	COPS8	Q99627	209 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	KIFC1	Q9BW19	673 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SCNM1	Q9BWG6	230 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC32A1	Q9H598	525 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM96A	Q9H5X1	160 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	RMI1	Q9H9A7	625 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT1A7	Q9HAW7	530 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT1A10	Q9HAW8	530 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	UGT1A8	Q9HAW9	530 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	MRM3	Q9HC36	420 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	EPB41L5	Q9HCM4	733 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TRIM39	Q9HCM9	518 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ARFGAP3	Q9NP61	516 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	PPAN	Q9NQ55	473 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CATSPERZ	Q9NTU4	200 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZC3H7B	Q9UGR2	993 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	PLXNA2	O75051	1894 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM208B	Q5VWN6	2430 aa		13.73	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	PCDH15	Q96QU1	1955 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	AKAP13	Q12802	2813 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944		A0A1B0GTQ1	180 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM237B	A0A1B0GVD1	139 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CCDC162P	A2VCL2	907 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TMEM202	A6NGA9	273 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	VAPB	O95292	243 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ANXA6	P08133	673 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	RHOXF2B	P0C7M4	288 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF883	P0CG24	379 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	IVD	P26440	423 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	POLD2	P49005	469 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	MSLN	Q13421	630 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	BIRC2	Q13490	618 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TCEA2	Q15560	299 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ALG11	Q2TAA5	492 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	HP1BP3	Q5SSJ5	553 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TEX35	Q5T0J7	233 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	GPRC6A	Q5T6X5	926 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CERS6	Q6ZMG9	384 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF534	Q76KX8	674 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TAF8	Q7Z7C8	310 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	GKN2	Q86XP6	184 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	IFT20	Q8IY31	132 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	PELI3	Q8N2H9	469 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	NXPE1	Q8N323	547 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	LRRC39	Q96DD0	335 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CFAP36	Q96G28	342 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZNF514	Q96K75	400 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	OR2M4	Q96R27	311 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	RHOXF2	Q9BQY4	288 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	GSDMC	Q9BYG8	508 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FAM129A	Q9BZQ8	928 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FOXP3	Q9BZS1	431 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TSPYL1	Q9H0U9	437 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	VPS37B	Q9H9H4	285 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	IL21R	Q9HBE5	538 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FGF22	Q9HCT0	170 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	EVA1B	Q9NVM1	165 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		13.72	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	ESYT3	A0FGR9	886 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944		H7C0S8	307 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SCAMP1	O15126	338 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CD3EAP	O15446	510 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FFAR2	O15552	330 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	FLRT2	O43155	660 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	AQP9	O43315	295 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	MTX2	O75431	263 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	NDUFS3	O75489	264 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	SOD1	P00441	154 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	GOT2	P00505	430 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	CEACAM5	P06731	702 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	NMBR	P28336	390 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	GRK6	P43250	576 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	RXRG	P48443	463 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TTPA	P49638	278 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	BNC1	Q01954	994 aa		13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	DHX9	Q08211	1270 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	TMEM115	Q12893	351 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
TRAF4-215	ENST00000584944	EIF2B5	Q13144	721 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.5 ms