RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000415188.1

USP4-203, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 3 BASIC

Gene USP4, Length 1,454 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-203ENST00000415188 CDC16Q13042 620 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 MTAPQ13126 283 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 STX5Q13190 355 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TAF12Q16514 161 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ARHGAP15Q53QZ3 475 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 PIGGQ5H8A4 983 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TSSK4Q6SA08 328 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 AFTPHQ6ULP2 937 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 IZUMO2Q6UXV1 221 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CIR1Q86X95 450 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 KBTBD2Q8IY47 623 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 SPATA6LQ8N4H0 392 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 FAM3CQ92520 227 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CCDC124Q96CT7 223 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 RCN3Q96D15 328 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 DNAJC1Q96KC8 554 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TBATAQ96M53 351 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 DDX50Q9BQ39 737 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 AARSD1Q9BTE6 412 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 GSTO2Q9H4Y5 243 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TFB2MQ9H5Q4 396 aaKnown RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 WDR41Q9HAD4 459 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 NLE1Q9NVX2 485 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 MARCH4Q9P2E8 410 aaPredicted RBP14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 PSMD13Q9UNM6 376 aa14.72□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CCDC162PA2VCL2 907 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 PDHA1P08559 390 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CD1DP15813 335 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 HMGA1P17096 107 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CDC25CP30307 473 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ZNF140P52738 457 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 STC1P52823 247 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 HERVK_113P63132 956 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TAF1AQ15573 450 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ZNF423Q2M1K9 1284 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ZNF678Q5SXM1 525 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 HECTD3Q5T447 861 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ZC3H14Q6PJT7 736 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TMEM150AQ86TG1 271 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ISCA2Q86U28 154 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 PDSS2Q86YH6 399 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CATSPER1Q8NEC5 780 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 OR4L1Q8NH43 312 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 BLOC1S5Q8TDH9 187 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 PYDC1Q8WXC3 89 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 GCNAQ96QF7 691 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 ERVK-6Q9BXR3 956 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 SLC46A2Q9BY10 475 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 MRPL1Q9BYD6 325 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 KLHL4Q9C0H6 718 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 SYTL2Q9HCH5 934 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 SPATS2LQ9NUQ6 558 aaKnown RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 FBXO4Q9UKT5 387 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TMCO1Q9UM00 188 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 EP300Q09472 2414 aaPredicted RBP14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 WDR87Q6ZQQ6 2873 aa14.71□□□□□ -0.05
USP4-203ENST00000415188 TCAF2A6NFQ2 919 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 NEMP2A6NFY4 417 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 MUSKO15146 869 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 UBDO15205 165 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PFDN6O15212 129 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 JUNP05412 331 aaKnown RBP14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 CD9P21926 228 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ME2P23368 584 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PEX6Q13608 980 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 TCHHL1Q5QJ38 904 aaPredicted RBP14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 HACD2Q6Y1H2 254 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ZNF783Q6ZMS7 281 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ANKRD49Q8WVL7 239 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 GATA6Q92908 595 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 MOCOSQ96EN8 888 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 CHRDQ9H2X0 955 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ALG9Q9H6U8 611 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 LMAN1LQ9HAT1 526 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 CYP4F12Q9HCS2 524 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PDP2Q9P2J9 529 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 SARDHQ9UL12 918 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 TRAF6Q9Y4K3 522 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 KCTD3Q9Y597 815 aa14.7□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 TMEM233B4DJY2 109 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 H3BNX3 289 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 TRIM38O00635 465 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 INSIG1O15503 277 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 GPC4O75487 556 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 LATS1O95835 1130 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 F11P03951 625 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 RHOCP08134 193 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 FGF4P08620 206 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 HNRNPLP14866 589 aaKnown RBP eCLIP14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ZNF37AP17032 561 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 CR2P20023 1033 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PMLP29590 882 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 SLC6A4P31645 630 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ATP6V0D1P61421 351 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PDAP1Q13442 181 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 PTK2BQ14289 1009 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 ZNF528Q3MIS6 628 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 UNC50Q53HI1 259 aa14.69□□□□□ -0.06
USP4-203ENST00000415188 TMEM198Q66K66 360 aa14.69□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.4 ms