RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486549.5

USP4-212, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 5

Gene USP4, Length 749 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-212ENST00000486549 BASP1P80723 227 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CTBSQ01459 385 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 MSLNQ13421 630 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SEMA5AQ13591 1074 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 POU6F1Q14863 301 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NR0B2Q15466 257 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CHRNA6Q15825 494 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZDHHC20Q5W0Z9 365 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PDPK2PQ6A1A2 396 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TTC27Q6P3X3 843 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SLC30A9Q6PML9 568 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SLC35F3Q8IY50 421 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DNAAF3Q8N9W5 541 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 FAM181AQ8N9Y4 354 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ACTRT1Q8TDG2 376 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GLMNQ92990 594 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CAPZA3Q96KX2 299 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NAPGQ99747 312 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CEP295Q9C0D2 2601 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DPEP2Q9H4A9 486 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TRNAU1APQ9NX07 287 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 VPS18Q9P253 973 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ATXN10Q9UBB4 475 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PCYT1BQ9Y5K3 369 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CACNA1BQ00975 2339 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ARHGEF17Q96PE2 2063 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GOLGA6L10A0A0M3HER8 536 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CCDC78A2IDD5 438 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CCL22O00626 93 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A9O60656 530 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DNAJC6O75061 913 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PPFIA2O75334 1257 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DKK1O94907 266 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PRAMEF1O95521 474 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZNF8P17098 575 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TCP1P17987 556 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A6P19224 532 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A1P22309 533 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A4P22310 534 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A3P35503 534 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A5P35504 534 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ACTR1BP42025 376 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GRIA1P42261 906 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZNF140P52738 457 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ACTR1AP61163 376 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PDE1BQ01064 536 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CDH17Q12864 832 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ILKQ13418 452 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PYCR3Q53H96 274 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GUSBP11Q6P575 273 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CCDC137Q6PK04 289 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 LVRNQ6Q4G3 990 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CRTC3Q6UUV7 619 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CCNI2Q6ZMN8 369 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CHST15Q7LFX5 561 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TMPRSS7Q7RTY8 843 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 EFL1Q7Z2Z2 1120 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NRROSQ86YC3 692 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SFTPA2Q8IWL1 248 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SDR16C5Q8N3Y7 309 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ARL10Q8N8L6 244 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 IFI44Q8TCB0 444 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GPBAR1Q8TDU6 330 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SCARF2Q96GP6 870 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 VPS35Q96QK1 796 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A7Q9HAW7 530 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A10Q9HAW8 530 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 UGT1A8Q9HAW9 530 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NCKIPSDQ9NZQ3 722 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TMPRSS11EQ9UL52 423 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SPEGQ15772 3267 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 BPTFQ12830 3046 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CTAGE9A4FU28 777 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CES2O00748 559 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GAPDHSO14556 408 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 LDB2O43679 373 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NUAK1O60285 661 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PHF2O75151 1096 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SUN1O94901 812 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GAS8O95995 478 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 KRT14P02533 472 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ACP5P13686 325 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CA5AP35218 305 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 COILP38432 576 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 RPIAP49247 311 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ITGA9Q13797 1035 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PLA2G4EQ3MJ16 856 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 KHDC1Q4VXA5 237 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CCDC38Q502W7 563 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ADGRG6Q86SQ4 1221 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZCCHC14Q8WYQ9 949 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DNAJC1Q96KC8 554 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TMEM121BQ9BXQ6 578 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TRIM39Q9HCM9 518 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SPATS2LQ9NUQ6 558 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TAAR2Q9P1P5 351 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZMIZ1Q9ULJ6 1067 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PADI4Q9UM07 663 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ST14Q9Y5Y6 855 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 MAP1BP46821 2468 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.6 ms